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NGS科研用建库试剂盒
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M02421P-S/L RNA Seq Library Preparation Kit for RNA Profiling– Ion Torrent Compatible

流程介绍

 

 

    当只测RNA3’端附近的转录组信息,Ion Torrent平台所产生的数据量足以用来分析转录组的差异表达。和基因芯片技术相比,高通量测序数字基因表达技术为研究者提供一个更好的机会去发现和分析基因的差异表达。由于只将3’端附近的转录组信息作为研究对象,而对RNA剪接水平和其他基于全转录组水平的信息无过多需求,因而无需测定整个转录组,进而节省大量资金。类似转录组RNA文库构建流程,极好的方向性,自动化兼容的流程,更低的初始量也是这个产品的特别之处

 

 

流程图
 
 

产品特点

• 低初始量:低至1ng的总RNA起始;
• 
简单的流程:单管反应,整个实验流程仅需6小时;

• 全面的分析:每个样品每次测序能分析10000+基因。

 

产品优势

• 从样品到数据,时间更短;
• 
成本低廉,可以很好替代全转录组测序;

• 全面的分析:相比基因微阵列技术,RNA表达谱测序的覆盖度更好。

 

产品信息

货号

产品名

规格

M02421P-S

 RNA Seq Library Preparation Kit for RNA Profiling– Ion Torrent Compatible

12 rxn

M02421P-L

 RNA Seq Library Preparation Kit for RNA Profiling– Ion Torrent Compatible

48 rxn

 
常见问题解答
1. Profiling和转录组的流程是否存在什么差别?
      二者操作流程完全一样。只是逆转录引物有所不同。
 
2. RNA profiling样品制备后,测序读长的要求?
      只需要读取3‘端20-30个碱基即可识别出不同种类的mRNA。
 
3. RNA profiling 样品制备一般需要的Total RNA的量是多少?最低起始量是多少?
      在样品量允许的情况下,用1ug的Total RNA,PCR进行10个循环,可以得到很好的结果。最低起始量可以达到1ng,但因为样品少,得到的数据信息即是有限的。如果不是极端的情况,建议使用更多的样品。
 
4. RNA Profiling的样品制备是从Total RNA 起始的吗?
      RNA Profiling是从Total RNA 起始的。rRNA的影响不会很大。但也可以选择从mRNA起始。
 
5. 大家都在做转录组测序,只测3’ 端序列的RNA profiling Kit的好处是什么?
      实验方法的选择,和课题要回答的问题是直接相关的。如果只需要比较不同的实验组之间mRNA的表达差异,而对于mRNA水平的突变等信息不感兴趣,那么RNA Profiling这个方法就是一个很好的,低成本的选择。因为整个mRNA的序列长度在3000个左右的bp,而profiling只需要读3端的20-30个左右的碱基,因此如果只需要看拷贝数的话测序数据理论只要转录组的1%就可以获得同样的信息,可以大幅度节约成本。很多FFPE样品中的RNA降解严重,且总量很低,这时候RNA Profiling因为它对样品的完整性和初始量的要求都不高,就成为一个非常合适的选择。
 
6. Ion Torrent 平台的RNA profiling建库流程和Illumina平台的kit相比有什么不同?
      Ion Torrent 平台的RNA转录组建库流程和Illumina平台的共同点在于:有很好的方向性,流程简单,自动化兼容。不同的是:Ion Torrent平台的 barcode共有12个,位于RNA方向性文库的5’端,通过连接5’adaptor连接上去的。
 
 

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