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肿瘤临床科研服务
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扩增子测序

      目标基因测序是指采用各种技术手段将待检测的目标区域富集之后,进行高通量测序的研究策略。根据目标基因筛选的方法可分为液相杂交捕获扩增子测序两大类型。

 

液相杂交捕获

扩增子测序

富集策略

探针杂交

多重PCR

适用范围

目标区域>100k

目标区域<100k

检测变异类型

SNP、大片段Indels、融合基因、扩增等。

SNP、小片段Indels、扩增等

样本起始量

中(200ng

低(10ng

优势

发现更多新的从未报道过的SNP、融合基因、大片段Indels等。

发现更低频(低于0.1%)的突变,适用于ctDNA的研究

制约因素

探针捕获效率

panel扩增均一性


1、扩增子测序
      原理:先设计感兴趣的基因组区域的引物,通过多重PCR扩增,将目标区域DNA富集后进行高通量测序的研究策略。通常用于扩增区段较少(<100k)的情况。

技术流程:

技术优势:
      目标区域小,使测序成本显著降低,测序深度可高达到10000X(常规全基因组测序为30X),可发现很低频的突变信息。
 
可选panel:包括现成产品(适合不同肿瘤的基因组合)和自主定制两种

Panel类型

50-gene 

8-gene 

20-gene

BRCA1/2

自主定制

适用肿瘤

所有肿瘤

所有肿瘤

8种肿瘤

乳腺癌

所有肿瘤

覆盖区域

热点突变区

常见的药物作用靶点区

全外显子区

全外显子区

 

扩增子数目

207

41

 

100

 

Panel大小

40K

3K

60K

24K

 


应用:
        

panel名称

适合肿瘤

适用样本

应用

50-gene panel

8-gene panel

自主定制

所有肿瘤

FFPE

比较不同类型肿瘤组织DNA水平的差异,探寻与转移、治疗反应、不同癌种等相关的分子标志物。

血浆

ctDNA

ctDNA直接检出肿瘤特征的低频体细胞突变,应用于肿瘤的早期筛查、晚期患者的病程监测、个体化治疗的疗效评估等。

20-gene panel

8种常见肿瘤

FFPE

比较肿瘤组织和正常组织DNA水平的差异,寻找肿瘤组织特有的体细胞突变

BRCA1/2 panel

乳腺癌

全血

寻找两个乳腺癌易感基因上存在的有害胚系突变


我们的优势:
      1)游离DNA纯化技术能有效去除基因组DNA污染,使定量更准确;
      2)扩增子生成技术提高了扩增子生成的均一性,降低测序成本;
      3)低频突变生物分析技术能有效在背景中检出相关低频突变。

代表案例1:利用扩增子测序对结直肠癌患者FFPE样本进行热点突变检测

 
Fig. Amplicon Sequencing identifies hot-spot mutations in CRC metastases.

文献出处:Betge J et al. Plos one 2015 DOI:10.1371/journal.pone.0127146


代表案例2
利用扩增子测序对肿瘤ctDNA携带的肿瘤特征somatic突变进行检测和监控


l  设计了48对引物去扩增TP53EGFRBARFKRAS等癌症相关基因的5995bp突变区域   l  同时可对10个特异的癌症突变位点进行监控  l  用于监控癌症患者的肿瘤动态发展

 
文献出处:Tim Forshew et al. Sci Transl Med 2012(4): 136-68



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